制动系统与安全保护是风力发电机组安全运行的保证。制动系统在机械上主要由气动刹车和盘式高速刹车两部分构成。
控制系统根据风力发电机组发生故障的种类判断分别进行报警、正常停机、安全停机以及紧急停机等处理，同时针对可自复位故障和不可自复位故障实现风电机组重新自动启动或人工启动。
独立于计算机的安全链是采用反逻辑设计，将可能对风力发电机组造成致命伤害的超常故障如计算机系统失控等串联成一个回路，一旦其中一个动作，将引起紧急停机，系统失电。
紧急停机发生后，需人工复位操作后才能重新启动。
